Per aumentare la biodiversità dei ceppi batterici occorre garantirgli un ambiente fortemente confortevole. La maggior parte dei ceppi batterici risiede nel colon. La recente scoperta di recettori del gusto in tutto il tratto digerente mette in evidenza come il ruolo principale del sistema digerente non sia quello di nutrirci, ma di proteggere l'ambiente intestinale. Infatti questi recettori del gusto vedono e memorizzano il cibo che entra nell'intestino per comandare processi demolitivi (digestione) nello stomaco se riconosciuti aggressivi. Se da tale digestione si formano molecole nutritive, loro vengono assorbite, altrimenti arrivando nel colon possono essere fermentate. Per esempio dalla fermentazione delle fibre indigeribili si ottengono gli acidi grassi a corta catena (SCFAs) che sono gli unici nutrienti delle cellule del sistema digerente. Durante l'evoluzione l'uomo ha imparato a ricavare gli SCFAs anche dalla digestione dei grassi saturi come fanno i carnivori e ha preferito questo nuovo modo, infatti ha ridotto la lunghezza del colon da un 60% della lunghezza dell'intero tratto digerente ad un 15%, riducendo così fortemente la popolazione di batteri fermentatori delle fibre. Solo se le cellule del sistema digerente sono ben nutrite possono produrre tutto ciò che serve a demolire il cibo aggressivo (acidi, enzimi, sali biliari...), sia a proteggere i tessuti del corpo umano dall'ambiente fortemente aggressivo del sistema digerente (bicarbonato, muco e mucina). Riducendo l'apporto nutrizionale a queste cellule l'ambiente intestinale diventerà meno confortevole per i batteri ivi residenti che lentamente e gradualmente ridurranno la loro biodiversità. Sempre più studi mostrano un alterato microbiota  in diverse patologie, anche in quelle neurologiche comportamentali.

Sulla base di queste nuove evidenze è stata rivista quale sia la dieta ottimale per la salute che rivaluta il ruolo dei grassi saturi e del burro come miglior nutriente delle cellule intestinali.
Il Protocollo Restart prevede anche di ristimolare il sistema digerente utilizzando la stessa sieroproteina (alfa-lattoalbumina: ALAC) che, quando assunta con il colostro, ha il compito di attivarlo in quanto non ha mai funzionato durante la vita fetale. Le stimolazioni dell'ALAC sono specifiche per il digerente dell'uomo e solo dell'uomo. I nostri recenti studi hanno mostrato un fortissimo sinergismo tra ALAC e butirrati.