Il Protocollo Restart si basa sulle nuove acquisizioni sul microbiota, organo che controlla ogni nostro parametro fisiologico e il funzionamento di tutti gli organi, permettendo di intravedere un'unica strategia, comune a diverse patologie, caratterizzate da una riduzione di queste capacità di controllo da parte del microbiota. Le diverse patologie dipendono dalle differenti vulnerabilità individuali sia genetiche che epigenetiche, facendo intravedere la possibilità di Una Medicina, unica per le diverse patologie in quanto agente sull'unico sistema controllore del corpo umano.

Il Protocollo Restart mima i processi fisiologici che avvengono durante l'allattamento al seno e il successivo svezzamento. Durante queste fasi della vita del neonato, che durano fino circa al settimo anno di vita, si assiste ad un progressivo e graduale aumento della biodiversità dei ceppi batterici componenti il microbiota. A questo aumento corrisponde una maggior forza del microbiota che arriva in modo graduale e progressivo, sia ad essere capace di gestire i cibi della dieta dell'adulto, sia a superare indenne eventi stressogeni. Infatti la cosiddetta "fragilità dell'anziano" è dovuta alla riduzione della biodiversità dei ceppi batterici che riduce la capacità di reagire senza danni agli agenti stressogeni. Lo scopo del Protocollo Restart è quello di ripristinare una maggiore biodiversità dei ceppi batterici quando, a qualsiasi età possono essere stati ridotti da una alimentazione sbagliata o uso eccessivo di farmaci indebolenti il microbiota.